雖然台灣中選會已經明令宣布采取民進黨支持的一階段領投票方式，但是在野的國民黨聯合地方縣市堅持采二階段領、投票，台灣行政院11月28日強調，地方選委會有服於中央的義務，若私自決定，則依法無效。
行政院長張俊雄：“希望大家不要認為這是選舉活動，兩階段的領票投票，投開票進行程式，他沒有權限，所以他的推定依法無效”。
泛藍十八縣市聯合決議二階段投票，形成地方對抗中央的態勢，具有指標意義的台北市長郝龍斌的響應備受矚目，他認為選務工作是地方政府的權限。
台北市長郝龍斌：“我們所做的是合法合憲”。
馬英九28日表示二階段主要是考量投、開票秩序，二階段領、投票動線清楚。
國民黨總統參選人馬英九：“兩階段來講的話，清清楚楚，先領立委的票，投完之後再去領公投的票，如果你要投的話，如果你不同的話就可以走了，這應該是最尊重選舉人的方式，否則的話萬一手上拿了四五張票投錯了怎麼辦? ”
泛藍陣營認為，立委選舉是主體，公投是客體，民進黨不該反客為主，模糊選舉方向。綠營方面則認為，一次領投票能夠保障祕密投票，並可以節省人力物力。
台灣總統陳水扁：“結果迫使要去投公投票的選民，必須要在眾目睽睽之下，鼓起勇氣前往領取公投票，來行使他的基本人權，這樣的規定不但涉嫌違反祕密投票，更是制度性的歧視”。
學者認為藍綠的爭執是為了各自的選舉利益，最後會讓人民反感。采取何種投票方式影響不大，最重要的是如何讓民眾進一步理解公投議題以及新改制的立委選舉制度。
台灣政治學會會長 徐火炎：“應該要如何把這個法讓大家來理解，然後在這樣一個規則下來提，提出反對的，但是這樣子到後來就會讓很多東西後來變成空轉”。
針對藍綠雙方陣營各持己見，中選會表示下周將邀集二十五個縣市選委會進行溝通，解決爭議。 ”
新唐人亞太電視 陳進交 陳真 台灣台北采訪報導
