1966年底的“文革”高潮时期，各级党政机关曾一度处于瘫痪状态，但很快毛泽东就于1967年1月下令动用军队“支左”，让军队接管各级政权以恢复国家机器的运转，保证毛对局势的控制。于是军队干部成了各级“革委会”──新的国家机器──的主要负责人；军队还对公安、法院、监狱等重要的国家机器组成部分实行了军管。为了让军队控制局面，毛还赋予军队在“支左”中开枪“镇压”的权力。中共的军队历来深受“阶级斗争”教育的薰陶，服务于党的政治斗争目标，因此，在军队官兵看来，由党团骨干、武装民兵组成的群众团体（多半是“保守派”）自然是他们应当支持的“左派”，而敢于挑战军管权力的群众团体（往往是“造反派”，其成员又有不少人出身于“黑五类”）无疑属于他们要镇压的“反革命”。“文革”中因军队开枪镇压而发生了一系列血案。
案例之一：1967年2月5日，内蒙古军区负责人制定了屠杀在军区大院门口示威的“造反派”的计划，该军区军训部副部长柳青故意开枪打死了内蒙古师院的学生韩桐，这是“文革”时期军队杀害平民的第一枪。幸好当时内蒙古的“造反派”组织非常克制，内蒙古军区预谋的屠杀才没有进一步扩大。
案例之二：1967年2月23日，青海省军区副司令赵永夫在当时的军委副主席叶剑英的批准下，调动13个连的军队向占领西宁《青海日报》社的学生“造反派”开枪开炮，当场打死174人，打伤204人。
案例之三：1967年8月13日到10月17日，湖南道县人民武装部的现役军人组织基层民兵屠杀当地属于“湘江风雷”组织的“造反派”成员和“黑五类”：“历时66天，涉及10个区、36个公社、468个大队、1,590个生产队、2,778户，共死亡4,519人，其中被杀4,193人，逼迫自杀326人。……受道县杀人事件影响，全地区其馀10个县市也在不同程度上杀了人。全地区（含道县）文革期间非正常死亡9,093人，其中被杀7,696人，逼迫自杀1,397人；另外，致伤致残2,146人。死亡人员按当时的阶级成分划分：四类分子3,576人，四类分子子女4,057人，贫下中农1,049人（大多数有不同程度的历史问题），其他成分411人。其中未成年人826人。被杀人中，年纪最大的78岁，最小的才10天。”
案例之四：1968年7月至10月，广西军区司令员韦国清等人经中共中央同意，调动数万军队，连同武装民兵，对广西的反对派“四·二二”组织发动了大规模的武装围剿；同时在农村大杀“黑五类”及其子女，甚至发生“人吃人”的惨剧。仅据今天在官方内部材料上可查的数字，被杀者达11万之众。
军队还参与了其他类型的屠杀案件。例如，1975年春经中央军委批准，昆明军区出动5个师级单位共上万人的野战部队，以镇压“民族叛乱”的名义对云南省蒙自县沙甸村的回民实行惨绝人寰的屠杀，杀死村民不下千人，还把整个村庄夷为平地。1967年8月28日，经康生批准，驻宁夏野战部队某师以“镇压反革命叛乱”为名，开枪开炮，屠杀了青铜峡县的一派群众组织“大联合筹备处”成员101人，打伤132人。
虽然这些案件本身在80年代都彻底平反了，但血案制造者并没有真正受到法律制裁，而且，为了维护执政党的威信，对相关案件真相的讨论仍然是禁区。
