1966年底的「文革」高潮時期，各級黨政機關曾一度處於癱瘓狀態，但很快毛澤東就於1967年1月下令動用軍隊「支左」，讓軍隊接管各級政權以恢復國家機器的運轉，保證毛對局勢的控制。於是軍隊幹部成了各級「革委會」──新的國家機器──的主要負責人；軍隊還對公安、法院、監獄等重要的國家機器組成部分實行了軍管。為了讓軍隊控制局面，毛還賦予軍隊在「支左」中開槍「鎮壓」的權力。中共的軍隊歷來深受「階級鬥爭」教育的薰陶，服務於黨的政治鬥爭目標，因此，在軍隊官兵看來，由黨團骨幹、武裝民兵組成的群眾團體（多半是「保守派」）自然是他們應當支持的「左派」，而敢於挑戰軍管權力的群眾團體（往往是「造反派」，其成員又有不少人出身於「黑五類」）無疑屬於他們要鎮壓的「反革命」。「文革」中因軍隊開槍鎮壓而發生了一系列血案。
案例之一：1967年2月5日，內蒙古軍區負責人制定了屠殺在軍區大院門口示威的「造反派」的計劃，該軍區軍訓部副部長柳青故意開槍打死了內蒙古師院的學生韓桐，這是「文革」時期軍隊殺害平民的第一槍。幸好當時內蒙古的「造反派」組織非常克制，內蒙古軍區預謀的屠殺才沒有進一步擴大。
案例之二：1967年2月23日，青海省軍區副司令趙永夫在當時的軍委副主席葉劍英的批准下，調動13個連的軍隊向占領西寧《青海日報》社的學生「造反派」開槍開炮，當場打死174人，打傷204人。
案例之三：1967年8月13日到10月17日，湖南道縣人民武裝部的現役軍人組織基層民兵屠殺當地屬於「湘江風雷」組織的「造反派」成員和「黑五類」：「歷時66天，涉及10個區、36個公社、468個大隊、1,590個生產隊、2,778戶，共死亡4,519人，其中被殺4,193人，逼迫自殺326人。……受道縣殺人事件影響，全地區其餘10個縣市也在不同程度上殺了人。全地區（含道縣）文革期間非正常死亡9,093人，其中被殺7,696人，逼迫自殺1,397人；另外，致傷致殘2,146人。死亡人員按當時的階級成分劃分：四類分子3,576人，四類分子子女4,057人，貧下中農1,049人（大多數有不同程度的歷史問題），其他成分411人。其中未成年人826人。被殺人中，年紀最大的78歲，最小的才10天。」
案例之四：1968年7月至10月，廣西軍區司令員韋國清等人經中共中央同意，調動數萬軍隊，連同武裝民兵，對廣西的反對派「四·二二」組織發動了大規模的武裝圍剿；同時在農村大殺「黑五類」及其子女，甚至發生「人吃人」的慘劇。僅據今天在官方內部材料上可查的數字，被殺者達11萬之眾。
軍隊還參與了其他類型的屠殺案件。例如，1975年春經中央軍委批准，昆明軍區出動5個師級單位共上萬人的野戰部隊，以鎮壓「民族叛亂」的名義對雲南省蒙自縣沙甸村的回民實行慘絕人寰的屠殺，殺死村民不下千人，還把整個村莊夷為平地。1967年8月28日，經康生批准，駐寧夏野戰部隊某師以「鎮壓反革命叛亂」為名，開槍開炮，屠殺了青銅峽縣的一派群眾組織「大聯合籌備處」成員101人，打傷132人。
雖然這些案件本身在80年代都徹底平反了，但血案製造者並沒有真正受到法律制裁，而且，為了維護執政黨的威信，對相關案件真相的討論仍然是禁區。
